Ved undersøkinga sitter du i ein gynekologstol og legen fører rektoskopet innover i endetarmen. For å få til dette, blåser legen inn litt luft via ein ballong som er festa til skopet, tarmen utvidar seg foran skopet, og det blir lettare å føre det innover. Du vil oppleve litt press i endetarmen av dette.
Samtidig som rektoskopet blir trekt ut, undersøker legen slimhinna og tarmveggen grundig. Legen vil ta prøver av slimhinna med ein biopsistang hvis han ser noke unormalt.